Идея выпустить телепередачу для детей появилась у главного редактора программ для детей и юношества Валентины Фёдоровой после посещения ГДР, где она увидела мультфильм о песочном человечке.

Первые выпуски были в виде картинок с закадровым текстом. Но со временем вид передачи несколько изменился. В ней большую часть времени занял мультфильм, перед которым шла интермедия с участием ведущих и популярных героев — Фили, Хрюши и Степашки. Эту троицу придумал редактор детской редакции Владимир Шинкарев.

Первым актером, озвучивавшим Филю, был Григорий Толчинский. Он любил шутить: «Уйду на пенсию, издам книгу «Двадцать лет под юбкой тети Вали». Сегодняшний голос Фили — актер Сергей Григорьев.

В 1999 году передача не выходила, так как ей не нашли места в эфирной сетке, вместо неё транслировался детективный телесериал «Убойная сила».

Передача «Спокойной ночи, малыши!» трижды становилась лауреатом телевизионной премии ТЭФИ (в 1997, 2002 и 2003 годах) в номинации «Лучшая детская программа».

Первая заставка, появившаяся в 1964 году, была чёрно-белой. Заставка изображала часики с двигающимися стрелками. Тогда у передачи не было постоянного времени выхода, и автор заставки, художник Ирина Власова, всякий раз выставляла время заново. В конце 1970-х заставка стала цветной. Вместе с заставкой исполнялась колыбельная «Спят усталые игрушки», которая появилась в 1963 году.

Хрюша разговаривал голосом старейшего работника программы Натальи Державиной. Можно сказать, что она посвятила жизнь своему любимому поросенку. А дом актрисы был буквально завален игрушечными свиньями — подарками от друзей и зрителей. После того, как Наталья Державина скончалась, Хрюша стал говорить голосом Оксаны Чабанюк.

С 1994 года по настоящее время передача выпускается телекомпанией «КЛАСС!».

Степашку озвучивает Наталья Голубенцева. Актриса настолько сжилась со Степашкой, что вклеила совместное с ним фото в свое удостоверение заслуженной артистки.

В 1982 году была сделана заставка в виде пластилинового мультфильма.

Очень долго не могли подобрать актрису на роль Каркуши. Многие актрисы, пробовавшиеся на роль, так и не смогли вжиться в образ забавной вороны, пока в «Спокойной ночи» не пришла Гертруда Суфимова. И представить Каркушу другой было уже невозможно… Когда в 1998-м, на 72-м году жизни, актриса умерла, ворона поселилась на руке актрисы Галины Марченко.

Музыку к ней написал композитор Аркадий Островский, слова — поэтесса Зоя Петрова, а исполняли колыбельную Олег Анофриев, чуть позже — Валентина Толкунова.

Первым диктором единственной в то время детской программы стала Нина Кондратова. Потом же ведущих было больше: Валентина Леонтьева (тетя Валя), Владимир Ухин (дядя Володя), Светлана Жильцова, Татьяна Веденеева (тетя Таня), Ангелина Вовк (тетя Лина), Татьяна Судец (тетя Таня), Юрий Григорьев (дядя Юра), Юрий Николаев (дядя Юра), Юлия Пустовойтова, Дмитрий Хаустов. В настоящее время ведущими являются: актриса Анна Михалкова, телеведущая Оксана Федорова, актер Виктор Бычков.
Передача претендует на место в Книге рекордов Гиннеса, как самая старая детская программа в мире.